13일 벤처투자 업계에 따르면, 기재부는 최근 '부가가치세법 시행령 개정안'을 입법예고했다. 시행령 제40조 제1항에 'LLC형 벤처캐피탈·창업기획자(액셀러레이터)·신기술사업금융업자(신기사)가 벤처펀드를 결성할 경우 관리보수 부가세를 면제한다'는 내용을 추가한 것이 골자다.

현행 부가세법은 창업기획자가 개인투자조합을 결성하거나, 창업투자회사(창투사)가 벤처펀드를 결성할 때 부가세를 면제해준다. LLC형 벤처는 창투사와 동일하게 벤처펀드를 결성할 수 있는 자격은 있지만, 세법상 부가세 면제 대상으로 명시돼있지 않다.

소급 과세 논란이 불거진 건 이 지점이다. '열거주의' 방식을 따르는 국내 세법을 고려하면, 면제 대상에 포함되지 않은 LLC형 벤처가 그동안 관리보수 부가세를 면제 받은 건 특혜라는 지적이 제기됐다.

LLC형 벤처캐피탈 관계자는 "지난해 한국벤처투자가 감사원 감사를 받는 과정에서 펀드 부가세 이슈가 제기됐고, 이 여파가 LLC형 벤처의 부가세 면제 특혜 논란까지 이어졌다"며 "LLC형 벤처의 잘못이 아니라 입법 미비로 소급 과세 폭탄을 떠안게 된 만큼 정부 부처와 원만한 협의가 이뤄지길 바라고 있다"고 말했다.

업계에선 입법 미비 기간 전체로 소급 과세가 이뤄질 경우 LLC형 벤처의 사업 안정성을 해칠 수도 있다고 우려하고 있다.

2020년 한해 국내 LLC형 벤처가 결성한 벤처펀드는 총 26개. 약정총액 규모로는 8000억원을 웃돈다. 통상 펀드 관리보수로 약정총액의 2% 가량을 수취한다고 보면, 부가세수는 연간 15억원 안팎이다. 업력이 오래되고, 운용하고 있는 벤처펀드 수가 많은 LLC형 벤처일수록 뱉어내야 하는 금액이 만만치 않을 것으로 예상된다.

그나마 고무적인 건 이번 시행령 개정으로 향후 부가세를 면제받을 수 있는 법적 근거가 마련됐다는 점이다. 이르면 다음달부터 LLC형 벤처도 관리보수 부가세 면제 대상에 포함될 전망이다.

기재부 관계자는 팍스넷뉴스와 통화에서 "2월 중순 시행령 개정안 공포를 목표로 후속 작업을 진행 중"이라며 "법제처 심사, 차관회의, 국무회의 등을 거치며 일정이 소폭 조정될 수는 있지만, 2월 안에 시행령을 공포하는 것이 목표"라고 전했다. 법안 개정 이유에 대해선 "벤처투자 활성화와 창투사와의 형평성 문제를 고려했다"고 답했다.

아직 논란이 계속되고 있는 소급 과세에 대한 대응도 이뤄지고 있다. 한국벤처캐피탈협회 등을 중심으로 대책 마련에 나섰다. 협회는 최근 세무 전문가로 구성한 자문위원단을 꾸리고, 대응책 모색에 착수했다. 전문가들의 자문을 토대로 정책적 설득을 이끌어내겠단 구상이다.

벤처투자 업계 관계자는 "국내 LLC형 벤처가 태동한 2005년 이후로 소급 과세가 이뤄지면 벤처투자 업계도 막대한 영향을 받을 수밖에 없다"며 "대표적인 LLC형 벤처인 프리미어파트너스뿐만 아니라 중형 벤처캐피탈로 성장한 여러 LLC형 벤처까지도 사업성을 침해 받을 수 있는 만큼 논의가 잘 이뤄지길 기대하고 있다"고 말했다.