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그러나 현대 의약품의 시초라 할 수 있는 아스피린의 경우는 과거에는 버드나무 껍질 추출물을 사용하였으나 1800년대 화학자들이 버드나무 껍질의 약효성분인 살리실산을 분리하는데 성공하고, 1800년대 후반 독일의 제약사인 바이엘에서 살리실산을 화학적으로 합성하는 법을 개발, 오늘날의 화합물 의약품 시대를 열었다.
이후 바이엘은 살리실산을 주성분으로 하는 아스피린의 특허를 등록하였으며 1900년대초 알약을 개발하여 복용의 편이성과 복용량을 표준화했다. 최초의 합성 의약품인 아스피린의 개발 과정은 의약품의 발전 과정을 그대로 보여준다고 할 수 있다.
천연물 유래 화합물 신약 개발 이후 신약 발굴을 위한 화합물 라이브러리의 확대를 도모하고자 천연자원 확보 노력과 신규 합성이 이루어졌다 화합물 라이브러리의 확보와 함께 빠르게 유효 물질을 확인하는 탐색 시스템의 확보가 제약사의 주요한 경쟁력이 되었다.
최근에는 자동화 공정을 활용한 초고속 탐색 시스템이 현장에서 사용되고 있어 직접 초고속 시스템을 보유하고 있지 않더라도 관련된 탐색 과정의 외주도 가능하게 되었다. 초고속 탐색 시스템 개발과 동시에 실험실에서 진행되는 탐색 과정을 컴퓨터상에서 진행하는 인실리코 탐색 시스템 개발과 인공지능을 활용한 신약개발 노력도 지속적으로 이루어지고 있다.
신약개발의 가장 큰 걸림돌인 부작용을 막기 위한 방법으로는 하나의 약이 하나의 목표에만 작용하는 것이 중요하며 개발 과정에서 이를 달성하기 위한 연구를 진행하지만 부작용을 완전히 제거하는 것은 현실적으로 불가능하다고 볼 수 있다. 그러나 화합물 의약품은 개발 비용과 생산 비용이 저렴한 큰 장점을 보유하고 있어 현재도 많은 신약개발 기업은 화합물 의약품 개발에 집중하고 있다.